除了常规冒险，追寻并捕获那些传说中的神宠无疑是许多训练家终极的挑战与乐趣所在。这些稀有的宝可梦通常隐藏在特定的、不易到达的地点，并且伴严苛的触发条件，其极低的遭遇率或特殊的捕捉机制，使得它们的获取过程充满了难度与不确定性，成为了游戏进程中标志性的里程碑。
游戏中最具代表性的难捕神宠当属传说中的三圣鸟。闪电鸟藏身于无人发电厂的最深处，需要玩家仔细探索才能抵达其巢穴。火焰鸟则栖息在一号岛的灯火山山顶，面对其强大的火属性，携带水系或岩石系宝可梦是稳妥的选择。而急冻鸟的获取则涉及一个环境解谜，它位于双子岛内，玩家必须用岩石堵塞特定的瀑布水道后才能见到这只冰属性的传说鸟宝可梦，这三只神兽的等级通常都在50级左右，对玩家队伍的战斗力是一次直接的考验。
而本作的终极神兽超梦，其捕捉条件则更为复杂。玩家需要集齐八枚徽章并通关主线剧情，之后还需要完成七岛的相关剧情，最终才能前往华蓝洞窟的最深处遭遇它。超梦的强大不言而喻，是许多玩家保留大师球的首要目标。像梦幻的获取方式在原始版本中非常特殊，通常需要通过官方活动获得。而凤王与洛奇亚则分别位于1号岛下方的草丛和3号岛右侧的土龙洞穴，前往这些岛屿本身就需要持有船票，增添了寻觅的难度。
除了这些传说中的一级神兽，一些稀有度极高的非神兽宝可梦同样难以捕捉。例如卡比兽，它会在12号路和16号路各出现一次，但总是处于沉睡状态，阻挡道路，玩家必须通过剧情获得的宝可梦笛子将其唤醒才能触发战斗。而迷你龙的获取则完全依赖于运气，它仅出现在狩猎区，并且必须使用高级钓竿才有极低的概率钓到，是考验玩家耐心与运气的典型。
面对这些难以捕捉的神宠，准备工作至关重要。在遭遇任何稀有宝可梦之前，手动存档是必不可少的步骤，以便捕捉失败后可以读档重试。在战斗环节，巧妙地运用状态异常技能能显著提高抓捕成功率，其中睡眠效果最为理想。队伍中配备一只掌握催眠粉或唱歌等技能的宝可梦作为辅助手，会使得捕捉过程轻松许多。对于大师球这类珍贵的一次性道具，建议留给超梦或急冻鸟等难以控制的对手。前往狩猎区等特殊地点前，务必准备好充足的特殊道具，如沙狐球，以免错过难得的机会。
